• موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی شعبه جنوب غرب کشور اهواز
  • آدرس: امانیه، خیابان سپاه، جنب شهرداری مرکزی
  • تلفن33366497(061)
  • دورنگار33332512(061)
سومین همایش پژوهش های نوین واکسن و سرم سازی
  • دکتر فاطمه ثعلبی

کاربردهای آنالیز ترانسکریپتوم (RNA-Seq)

آنالیز ترانسکریپتوم یا RNA-Seq جدیدترین و کاربردی ترین روش برای بررسی ترانسکریپتوم موجودات به شمار می‌آید. مزیت این روش نسبت به روش های پیشین اینست که امکان کار روی ترانسکریپتوم موجوداتی که ژنوم مرجع آن ها موجود نمی باشد را فراهم می‌سازد. با استفاده از روش RNA-Seq امکان شناسایی ژن‌ها، تفسیر عملکرد آن‌ها، تشخیص ساختار و فراوانی مولکول‌های RNA و مقایسه تفاوت بیان در ژن‌های مختلف فراهم می‌گردد. این روش بر پایه توالی‌یابی بوده و نسبت به روش‌های قدیمی مولکولی، کار آزمایشگاهی کمتر و هزینه پایین تری دارد.

به کمک این روش می‌توان خوانش‌هایی را که به جایگاهایی غیر از ژن‌های شناخته شده متصل می‌شوند را شناسایی کرد. همچنین با این روش می‌توان ایزوفرم‌های مختلف یک ژن و یا جایگاه اسلایسینگ جدید که منجر به کشف ایزوفرم جدید نیز می‌شود را شناسایی کرد. زمانی که تعداد خوانش‌ها و طول آن‌ها افزایش یابد و خوانش‌ها بصورت دو طرفه باشد، از داده‌های RNA-Seq می‌توان در شناسایی پدیده‌ی جریان ژنی در بافت‌های بیماری‌زا به خصوص در بیماری‌هایی مانند سرطان استفاده کرد.

یکی دیگر از کاربردهای RNA-Seq شناسایی ترانسکریپتوم‌هایی است، که نمی‌توانند کد کننده ژن باشند. به طور کلی RNA های غیر کد کننده، ترانسکریپتوم‌هایی تعریف می‌شود که طول بیش از 200 نوکلوتید داشته و با پروتئین‌های کد کننده اگزون هم‌پوشانی نداشته باشد. علاوه بر آن RNA-Seq می‌تواند در شناسایی توالی، ساختار، عملکرد و فراوانی RNA های کوچک استفاده شود که شناخته‌ترین مثال در این دسته را می‌توانsnRNA، misc RNA ،snoRNA ،micro-RNA si RNA و غیره را نام برد.

دکتر فاطمه ثعلبی